Vzhledem ke své poloze je obec Lužec nad Vltavou zasažena při každé povodni na Vltavě dosahující alespoň úrovně Q20. V nedávné historii se tudíž musela obec vypořádat s rozsáhlými škodami při povodních v roce 2002 a 2013. Zejména bezprecedentní povodeň v roce 2002 přinesla zatopení většiny území obce. Situaci ve zmíněných letech dokládají následující fotografie ze zmíněných událostí.
